Лифляндская губерния, хотя и была исключена из состава ополчения, но добровольно сформировала отряд численностью 2260 человек и конный казачий полк из 2000 всадников. Задача этих частей заключалась «в ограждении границ от нападения неприятельских отрядов и мародеров». В Дерптском и Перновском уездах собрали 200 стрелков и столько же на острове Эзель. Ещё в апреле 1812 года в Дерпте был сформирован отряд конных стрелков в 70 человек на средства и под предводительством отставного поручика Нирода. Другой отставной поручик Шмидт тоже создал подобный отряд в 330 человек под названием «волонтёрского корпуса». Ещё один, так называемый «корпус вольных конных и пеших лифляндских егерей», имел в своём составе конную и две пеших роты. Кроме того, 57 студентов Дерптского университета, обучавшихся медицинским наукам, вместе с профессором Эльспером поступили врачами в ополчение.

Из жителей занятой французами Курляндии был создан отряд вольных курляндских стрелков. Всадники этого отряда назывались форшт-егерями, то есть лесными охотниками. На территории Эстляндской губернии была учреждена гражданская стража, «которая заменила войско в содержании караулов». Эти примеры приведены для иллюстрации царивших в гражданском населении Прибалтики настроений.

К началу войны в южной Лифляндии, на территории современной Латвии, а точнее, в Риге шли интенсивные работы по укреплению крепостных бастионов, расположенных по периметру нынешнего рижского Старого города, а также Динабургская (Даугавпилс) крепость, которая прикрывала переправу через Западную Двину (Даугаву) на Петербург, а также выполняла роль тыловой базы для 1-й (Западной) русской армии.

26 марта 1812 года Ригу с инспекционной поездкой посетил военный министр М.Б.Барклай де Толли. Хотя укрепления и были признаны удовлетворяющими основным требованиям, но гарнизон был слишком малочисленный и недостаточно обученный. Вместо рижского военного губернатора князя Лобанова-Ростовского был назначен более опытный в военном отношении генерал-лейтенант из эстляндцев Иван Николаевич фон Эссен, которому предписывалось сжечь предместья Риги немедленно со вступлением неприятеля в пределы края. По воспоминаниям военного коменданта Риги генерал-лейтенанта из лифляндцев Ивана Фёдоровича фон Эмме приказ выполнил полицмейстер Риги полковник лифляндский барон Отто фон Крюденер, который ночью с 23 на 24 июля, руководствуясь указанию, велел делать смоляные зажигательные венки.

После вторжения в пределы России «Великой армии» Наполеон направил на левый фланг в Курляндии 10-й корпус маршала Макдональда, состоявший из 7-й дивизии барона Гранжана с её воинством из поляков, баварцев и вестфальцев, и 27-я прусской  дивизии престарелого генерала фон Граверта, преемником которого позднее был назначен генерал Йорк.

Наполеон рассчитывал на взятие Динабургской крепости с намерением возможного продвижения через Двину на Петербург и, по возможности, захват Риги, чтобы контролировать вход в Двину и обеспечивать по реке всем необходимым французские войска, находившиеся в глубине территории России. Ещё на этапе подготовки к войне в Данциге (Гданьске) был сформирован специальный артиллерийский парк из 130 тяжелых орудий.

У границ Курляндской губернии в это время французам противостоял отряд Вельяминова, который в соответствии с инструкцией отступил с боями в Ригу.

Утром 18 июля в Митаве было получено известие о появлении прусских войск в Бауск. Командовавший русскими силами в Митаве генерал-лейтенант Фёдор Фёдорович фон Левиз оф Менар занял позицию для боя при Гросс-Экау (Иецаве). Поражение русских стало причиной сожжения предместий Риги.

            Макдональд с 7-й дивизией двинулся от Бауска к Якобштадту и здесь стал готовить переправу через Двину. Несмотря на неоднократные атаки французов, продолжавшиеся с 1 по 4 июля продолжались атаки французов на предмостные укрепления Динабургской крепости, которые были всё же удержаны русскими войсками. Тем не менее, во избежание окружения Динабург пришлось оставить, так как крепость была не достроена и оборона её привела бы к слишком большим потерям.

Макдональд расположился в трёх верстах от Динабурга на почти два месяца, не решаясь двинуться с места, несмотря на ожидания помощи со стороны маршала Удино, который пытался сломить сопротивление охранявшего дорогу на Петербург 25-тысячного отряда русских войск под командованием генерала Витгенштейна. Последнему удалось нанести два поражения маршалу Удино (18 и 19 июля) и сохранить контроль над средним течением Двины. Продвижение же французов на Петербург без взятия Риги было невозможно.

Военные действия в конце лета и осенью 1812 года... К тому времени пруссаки заняли позицию полукругом от Риги по линии Шлок (Спока) — Олай (Олайне) — Кирхгольм (Саласпилс). Их войска оказались растянутыми на большом отрезке фронта. часто прерывались лесами и болотами. Витгенштейн предпринял контрнаступление. 24 июля русский генерал-лейтенант Фёдор Фёдорович Левиз оф Менар атаковал левый прусский фланг в районе Шлока и продвинулся далее до Кальнцема при существенной поддержке русских канонерских лодок капитана Развозова.

Решительные русские контратаки вынудили Макдональда перебросить бригаду прусского генерал-майора Гюнербейна из состава 7-й дивизии в Якобштадт. К началу сентября артиллерийский парк из 130 орудий, собранный для осады Риги, был сосредоточен в Руентале (Рундале). Однако к 10 сентября из Финляндии в Ригу был переброшен 10-тысячный корпус графа (из эстляндцев) Ф. Ф. Штейнгеля, который ранее уже высадился в Ревеле (Таллине).

Русские силы двинулись в трёх направлениях. Главное наступление под руководством Штейнгеля и Левиса оф Менара проходило через Даленкирхен (Кекава) и Экау на Бауск силами 18 000 пехотинцев, 1 300 кавалеристов и 23 орудий. Полковник фон Розен с 1000 человек в сопровождении Эссена отправился на Олай и Митаву. Русская канонерская флотилия контр-адмирала фон Моллера при поддержке генерал-лейтенанта Ивана Ивановича Бриземана фон Неттинга с 2000 человек была послана на Шлок.

14 (26) сентября у Даленкирхена русские войска заставили отступить прусский фланг и не позволили генералу Йорку собрать свои силы вместе в районе Олая. Лишь у Митавы последнему удалось соединиться с Горном, который после поражения отступил из Даленкирхена, занятого русскими войсками Штейнгеля. Русские соединения продолжали движение и 15 (27) сентября подошел к Экау. С боями русские войска окружали прусские контингенты. Йорк был вынужден под угрозой окружения отступить к Бауску, оставить Экау и ожидать идущих на соединение с ним частей прусского генерала Клейста и бригады Гюнербейна.

После того, как пруссаки отступили, русские через Шлок и Олай беспрепятственно заняли Митаву с помощью русского десанта, высаженного с канонерок и гребных судов. Вскоре прибыли Курляндский гражданский губернатор Фёдор Фёдорович фон Сиверс, военный губернатор фон Эссен и деятельность российской администрации была восстановлена.

16 (28) сентября Йорк занял позиции у Рундальского дворца по обе стороны артиллерийского парка. Утром 17 (29) сентября в Рундале появились силы генерала Клейста. Прусские войска насчитывали теперь 18 пехотных батальонов, 10 эскадронов и 44 легких пушки. На юге от Бауска располагалось ещё 3 польских батальона, 2 прусских эскадрона и артиллерийская полубатарея. Генерал Штейнгель расположился с главными силами в Цоде. На Бауск и в Межотне были направлены передовые отряды. .

Граф Штейнгель стремился не допустить возможности для прусских войск использовать своё преимущество и намеревался сковать их ударом с левого фланга, для чего был направлен генерал русской службы Александр Бельгард с двумя полками пехоты и 6-ю орудиями. Пройдя через Грефенталь (Гравендале), он должен был вброд перейти реку Лиелупе и атаковать неприятеля. Генерал Йорк, в свою очередь, планировал связать главные силы русских в районе Цоде, выставив отряд Клейста в заграждение на левом берегу Лиелупе. В случае если в направлении Грефенталя устремятся русские войска, прусский левый фланг должен был нанести встречный удар.

17 (29) сентября Йорк с главными силами перешел на правый берег Лиелупе и направился в Межотне. Польские батальоны взяли Бауску. К северу от Межотне около так называемой «Казачьей корчмы» пруссаки встретили русский авангард и вытеснили его с занятых позиций. Особенно тяжелая схватка произошла к юго-востоку от Грефенталя. Отряд Бельгарда занял сильные позиции к югу от этого населенного пункта. Узнав об этом, Клейст тотчас решил атаковать русских, но был встречен кинжальным огнём. Ожесточённая баталия завершилась лишь к ночи. Когда же к пруссакам подошло подкрепление, Бельгард был вынужден отступить на правую сторону реки.

Следующим упорным сражением стал бой у Грефенталя возле т.н. «Медвежьей корчмы». Йорк манёвром хотел отрезать русским войскам путь к отходу. Сохраняя запланированный порядок отхода генерала Штейнгеля к Олаю, русский отряд под начальством генерал-майора Александра Борисовича фон Фока занял сильные позиции и 1-го октября принял бой, который собственно, и завершил большое Мезоттенское сражение.

Позиционная война стала причиной отъезда Эссена из Митавы, в который снова вошли французы. 20 сентября (ст.ст.) русские войска возвратились в Ригу, где их ожидало печальное известие о занятии французами Москвы.

Ситуация стала меняться после того, как стало известно о том, что 6 октября Витгенштейн освободил Полоцк. В этот же день Наполеон отдал приказ об отступлении из Москвы, что активизировало русские силы в Риге. В середине октября они предприняли наступление при поддержке канонерских лодок на Кирхгольм и по Аа — на Шлок и Вольгунд (Валгунде). Пруссаки едва, с большими потерями удержали свои позиции.

Вместо Эссена, подавшего в отставку по состоянию здоровья, на пост военного губернатора Риги был назначен маркиз Филипп Осипович Паулуччи.

Наступившая зима не принесла перелома в сложившуюся под Ригой ситуацию. В начале декабря 1812 года Макдональд приказал 7-й дивизии отступить к Бауску, а 6 декабря, узнав о поражении французов, отдал приказ о немедленном отступлении 10-го корпуса из Курляндии. 8 декабря Митаву оставил генерал Йорк. Лифляндия стала мирной территорией.